RNA pull down实验技术服务

rna pull down实验原理
先将体外转录的rna结合到beads上,再将rna-beads和细胞裂解液孵育,这样与目标rna结合的蛋白便会一起吸附在beads上。洗涤掉不结合的蛋白后,用洗脱液将rna-protein复合物从beads洗脱下来,之后可以采用western blot技术检测特定的结合蛋白,还可以采用质谱方法鉴定与目标rna结合的未知蛋白。
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rna pull down实验原画步骤流程
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应用领域
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rna pull down应用背景
rna结合蛋白(rna binding protein,rbp)是一类功能强大而广泛的调节因子,约占细胞编码的所有蛋白的5%~10%。目前除了少数rna以核酶形式单独发挥功能,大部分rna通过与蛋白结合形成rna-蛋白复合物来发挥作用。
一方面,rbp参与rna合成、可变剪接、修饰、转运、翻译及胞内定位等多个转录后调控过程,调控mrna稳定性、lncrna活性、mirna沉默复合体形成等生物学过程;另一方面,rna也会调节这些蛋白质的活性、定位或与其他蛋白质相互作用,从而影响rbp介导的各种细胞事件。rna与蛋白质的相互作用对于维持细胞稳态是非常重要的,干扰这种相互作用将会导致细胞功能失调和相关疾病的发生。
目前研究rna-蛋白质相互作用的方法分为两大类:一是以感兴趣的rna为中心,寻找与该rna结合的蛋白质;二是以感兴趣的蛋白质为中心,寻找与该蛋白质结合的rna。rna pull down属于前者,通过体外转录的方式将感兴趣的rna带上标签,通过该标签使rna结合到树脂支持物上,再加入样本蛋白质与rna结合,洗涤、洗脱得到与目标rna结合的蛋白质。
rna pull-down 实验服务研究案例—客户文章解析
rna pull down实验外包技术服务结果
lncrna lamp5-as1通过调控dot1l甲基转移酶活性促进mll白血病发展
研究背景
研究者们通过大量临床样本的检测发现,一个长链非编码rna(lncrna)“lamp5-as1”在混合系白血病(mll)中高表达,因此进一步探索了lamp5-as1在mll白血病发生发展中的作用。
研究路线
细胞和小鼠实验确定高表达的lamp5-as1促进mll白血病进展
rna pull-down结合质谱鉴定技术首次发现了lamp5-as1的潜在结合蛋白—dot1l(一种h3k79甲基转移酶)
rip qpcr实验确定了lamp5-as1与dot1l结合
截短型 rna pull down实验进一步明确了与lamp5-as1结合的dot1l结构域
体外酶活实验表明lamp5-as1与dot1l的结合促进了dot1l的甲基转移酶活性
rna干扰结合chip实验表明lamp5-as1影响mll融合蛋白核心靶基因的h3k79me2/3水平
临床分析lamp5-as可作为mll白血病不良预后的预测因子
研究结论
lncrna lamp5-as1在mll白血病细胞的自我更新过程和分化阻滞中起着重要的作用。lamp5-as1对维持dot1l酶在mll白血病中的高活性具有重要意义,可能成为治疗mll白血病的一个有价值的靶点。
客户文献
wang w.t. et al: the lncrna lamp5-as1 drives leukemia cell stemness by directly modulating dot1l methyltransferase activity in mll leukemia. journal of hematology & oncology. 2020. (if=17.388)

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